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Javier Rodrigo-Ilarri es ingeniero de caminos canales y puertos por la Escuela de Ingenieros de Caminos Canales y Puertos de la Universidad Politécnica de Valencia (UPV), donde se graduó con el número 1 de promoción en 1997. Su tesis doctoral sobre modelación del flujo y transporte de masa en medios fracturados fue galardonada con el premio extraordinario de doctorado de la UPV en 2005.
Entre 1998 y 1999 ocupó el puesto de Ingeniero de calidad ambiental en el Servicio de Residuos y Contaminación de la Conselleria de Medio Ambiente de la Generalitat Valenciana. En 2005 pasa a formar parte del cuerpo de funcionarios de carrera por oposición como Profesor Titular de Escuela Universitaria y en 2011 como Profesor Titular de Universidad. En 2008, mediante beca José Castillejo del Ministerio de Educación para jóvenes investigadores, realiza una estancia de un año como investigador invitado en el Grupo de Geotermia del Centro para la Geociencia Aplicada de la Universidad Eberhard-Karls de Tübingen (Alemania), donde desarrolla la aplicación de técnicas de simulación geoestadística a problemas de geotermia superficial. En 2012 ocupó en comisión de servicios el puesto de director técnico de la Entidad Metropolitana para el Tratamiento de Residuos (EMTRE) siendo el máximo responsable técnico de las instalaciones de gestión (tratamiento, valorización y eliminación) de los residuos sólidos urbanos del área metropolitana de Valencia.
Sus líneas de investigación principales se centran en los diversos campos de la ingeniería ambiental: contaminación de aguas subterráneas, evaluación del impacto ambiental, gestión de residuos sólidos y suelos contaminados. En el ámbito de la ingeniería ambiental, ha participado como investigador en 41 proyectos de investigación subvencionados en convocatorias públicas, ha participado en 16 contratos de investigación con empresas y/o administraciones, ha publicado 40 artículos de investigación, ha presentado 105 contribuciones a congresos internacionales, ha dirigido cinco tesis doctorales y 85 Proyectos Fin de Carrera, Trabajos Fin de grado y Trabajos fin de Máster.
Desde su fundación en 2002 es miembro del grupo de Investigación en hidrogeología del Instituto de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente (IIAMA). Desde junio de 2021 es secretario y subdirector de transferencia del IIAMA.